哈佛大学本部坐落于剑桥市的哈佛庭院上，庭院位于波士顿商业区西北方约5.5公里处。里面包括了中央行政办公署及大学中央图书馆，另外也有数栋学术大楼，如大学学堂、纪念教堂和新生宿舍等。共有十二所住宿大楼提供给本科生，九所位于哈佛庭院的南部，靠近查尔斯河；剩余的部分则在庭院的西北方，那里原本是以前拉德克利夫学院的学生宿舍，直到两者合并使用同一的住宿政策为止。校园附近有公交车及铁路等交通运输服务，供学生教员们穿梭校园。

哈佛大学的商学院及大多数的体育设施均处于波士顿的西边。市区的行人天桥——约翰韦特桥横跨查尔斯河，并将两处的校区相连。哈佛的医学院、牙科学院及公共卫生学院则在长木医学区，在波士顿商业区的西南约5.3公里处，距离本部同样5.3公里远。医学区附近有巴士到达本部，中途站还包括后湾及麻省理工学院。