詹姆斯·库克大学设有7个学院：文学院、生化医学和保健科学学院、商学院、教育学院、理工学院、法学院和科学院。

开设专业（部分）：

会计学，MBA，旅游管理学，应用科学，文学，生物医学，商科，社区福利，建筑管理学，经济学，教育学，土木工程学，化工学，计算机科学，电子学，电机学，环境工程学，机械学，信息技术，新闻学，法学，音乐，管理学，心理学，护理学，植物学，生化学，地理学，化学，工业化学，地质学，数学及统计学，海洋生物学，物理学，微生物学，动物学，生理学，戏剧，社会工作，热带海洋及环境化学，视觉艺术，（双学位）文学和法学，文学和科学，心理学和教育学，科学和法学，生理学和科学，（专科）商业设计美术，摄影学，博物馆研究，女性研究等。