雷根斯堡大学和雷根斯堡应用科技大学的区别是创办时间不同、院系设置不同。

1、创办时间不同：雷根斯堡大学建于1962年，德国公立大学。雷根斯堡应用技术大学是德国的一所著名的高等专业公立大学，成立于1971年。

2、院系设置不同：雷根斯堡大学主要有天主教神学系、法律系、经济系、医学系、哲学、运动科学和艺术系、教育学与心理学系、历史、社会科学与地理系、文学与语言系、数学系、物理系、生物与基础医学系、化学与物理系等。雷根斯堡应用技术大学主要设有普通科学与微观系统技术学院、建筑学院、建筑工程学院、电子与信息技术学院、信息学与数学院、机械制造学院、企业经济学院和社会学院。材料补充：雷根斯堡大学学院主要有：天主教神学系、法律系、经济系、医学系、哲学系、运动科学和艺术系、教育学与心理学系、历史、社会科学与地理系、文学与语言系、数学系、物理系、生物与基础医学系、化学与物理系。雷根斯堡应用科技大学学院主要有：普通科学与微观系统技术学院、建筑学院、建筑工程学院、电子与信息技术学院、信息学与数学院、机械制造学院、企业经济学院和社会学院。